畜禽養殖業是我國農業和農村經濟的重要組成部分，畜禽養殖業的蓬勃發展造成了日益嚴重的環境污染。目前，全國各地的規模化畜禽養殖場每天都要排放大量的高濃度畜禽廢水。廢水中含有CODcr、氨氮、重金屬、殘留的獸藥及各種病原體等污染物。如果不經處理直接排放，會形成嚴重的污染，危害主要有以下幾點：
1.對水體的傷害。水產養殖廢水具有典型的“三高”特征，即高CODcr、高氨氮和高SS。是一種含有多種病原菌的高濃度有機廢水，大量的有機物進入水中后，有機物的分解會消耗水中大量的溶解氧，使水體發臭，造成許多水生生物的死亡。氮、磷可使水體富營養化。
2.對大氣環境的破壞。畜禽廢水在厭氧條件下會產生大量的NH3、H2S等惡臭氣體，會影響和損害畜禽及周邊居民的身體健康。
3.對農田和農作物受損。養殖廢水中含有大量的氮、磷、鉀等營養物質，如果不經任何處理而直接、連續或過量施用，會對土壤和作物生長產生不良影響，如造成作物產值下降，推遲成熟期，影響后續作物生產等
無論采取何種綜合措施處理養殖廢水，都必須首先進行固液分離。目前，我國已有成熟的固液分離技術和相應的設備，主要包括篩網式、臥式離心機、壓濾機等。從處理技術的角度來看，養殖廢水處理過程中，厭氧工藝對于CODcr和BOD5的去除和脫氮除磷是不可或缺的。
目前，水產養殖廢水的處理主要有生化處理、投加絮凝劑沉淀、壓濾壓泥、清水排放等。要凈化污水，必須滿足三個基本條件：沉淀速度、停留時間和污泥排放。如果水流過快，沉淀時間不夠，污水很難下沉和澄清。只有在前兩種情況下，污水才能變清，但沉淀的污泥長時間厭氧上浮，沉淀后的水變黑變臟。為了加快污水的凈化，還可根據不同的污水水質投加絮凝劑或混凝劑如聚合氯化鋁和聚丙烯酰胺等。