投標保函辦理手續費（銀行保函）得根據辦理方式來定，如果企業自己去銀行辦理，交全額保證金，然后按照季度交手續費，大概在幾百塊不等，還有一種方式是通過占用第三方擔保公司在銀行的額度出的保函（分離式保函），這種保函跟企業自己去出保函效果一樣，出的保函上不體現擔保公司，只體現受益人、申請企業、項目名稱、保函金額和期限等信息，這種費用也是幾百塊，但是不用交保證金。
一、企業自己去銀行開。
（1）尤其次去，需要準備很多資料：經申請人簽章的《出具保函申請書》（建設銀行格式），包括標書、合同、有關部門批準件在內的保函背景資料，申請人加蓋公章的保函格式，近期經審計的財務報表，反擔保措施及相關證明文件等。
（2）銀行審核申請人資信情況、履約能力、項目可行性、保函條款、及其提交材料的完整性與合法性。
（3）落實反擔保措施
（4）簽訂《出具保函協議書》（中國建設銀行格式）
（5）對外開出保函。
整個流程比較復雜，從提交到出保函，大概得需要7-14天不等。
預付款保函除在國際工程承包項目中使用外，也適用于貨物進出口、勞務合作和技術貿易等業務。例如，在成套設備及大型交通工具的合同中，通常采用帶有預付性質的分期付款或延期付款支付部分價款。在這種交易中，進口人在簽訂合同后，向出口人開立履約保證書，由銀行保證進口人按合同規定按期支付價款，同時，出口人也向對方開立還款保證書。如出口人不能按期交貨，銀行保證及時償還進口人已付款項的本金及所產生的利息。
商業保函與銀行保函有什么區別？
1、信用不同：銀行保函是由銀行直接出具的，屬于銀行信用，而商業保函是由專業的擔保機構或商業機構出具的，屬于商業信用。
2、用途不同：銀行保函多用于國際貿易，國內會比較少，屬于國際擔保業務，而商業保函多用于國內國家。
3、商業保函相對于銀行保函要簡單上許多，其不需要準備太多的資料，而且辦理速度快，費用也比較低。
4、商業保函的格式條款相對于會靈活一些，而銀行保函的格式就會比較嚴謹，不能隨意更改。