醫院設有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術后恢復中心、麻醉中心、體外循環中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫學影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫技科室。
世界上規模的心血管疾病診治中心
伴隨2006年阜外醫院內科介入診療總量首次破萬、2011年外科手術總量首次破萬，阜外醫院成為世界范圍內內、外科手術量均突破萬例的特大心血管疾病診療中心。
2023年全年門診942966人次，急診46470人次，急診危重癥搶救19529人次；出院85842人次，床位周轉65.44次，床位使用率98.87%，平均住院日5.47天，死亡率0.15%。住院外科手術18874人次，內科介入手術56223例、射頻消融9559例、起搏器植入術2063例。在醫療服務數量持續增長的同時，患者平均住院日、手術死亡率、出院患者死亡率等多項醫療質量評價指標優異。阜外醫院在國家三級公立醫院績效考核（其他專科手術組）中連續五年排名，繼續保持專科醫院等級A等，CMI值（代表收治病例疑難復雜度的病例組合指數）連續五年排名。
全國基層高血壓防治管理項目作為國家基本公共衛生服務重點項目之一，自2017年在中心成立項目辦公室以來，先后發布《國家基層高血壓防治管理指南》（2017版、2020版）和《國家基層高血壓防治管理手冊》，培訓超過235萬名醫務人員（其中基層醫務人員占80%）。通過新媒體傳播途徑向公眾傳播健康生活方式醫學理念和方法，覆蓋民眾2500余萬人。建立了一套相對完善的高血壓評價體系，以統一的七級管理數據分析質控平臺，推動基層管理質量“持續改善”。該平臺已管理重點聯系點地區的1.8萬個基層醫療衛生機構的438萬高血壓患者。開發適合基層的高血壓管理輔助診療工具（1.0版、2.0版），并通過持續開展降壓效果調研評價工作，探索防控新模式。
“中國居民心血管病危險因素及發病監測項目”于2020年10月啟動，目前該項目已建成我國規模的集危險因素與發病一體的監測網絡。截至2023年底，危險因素檢測范圍已覆蓋31個省262個區縣,調查30萬人;事件監測范圍已覆蓋400多個縣區網點，收集病例742萬例；并撰寫了《中國居民心血管病及其危險因素監測報告2022》和《心血管病發病事件監測報告2022》。