生物除臭原理是利用微生物將臭味物質的有機物質降解成無害無臭的物質，微生物在氧氣和水保證其自身活性的前提下，利用其基礎代謝和消化分解的功能在體內消除發臭物質，來實現凈化臭氣目的。
生物除臭的三個步驟為：
1、混合過程：先將微生物進行篩選，然后分離出具可降解臭氣的，并將微生物放置在惡臭氣體的周圍，微生物會吸附溶于水的惡臭氣體。
2、吸附過程：溶于水的惡臭氣體會被微生物所吸附，甚至被微生物吸附吞噬。
3、轉化過程：微生物將溶于水的惡臭氣體吸入體內并將其作為“食品”進行消化分解，今兒將其轉化成無害或低害物質，完成整個生物除臭的過程。